Информация на основе грамматического словаря А.Е.Полякова:
More detailed ▼wordforms:
1) пятьдесятонача́льника - единственное число, родительный падеж от пятьдесятонача́льникъ.
2) пятьдесятонача́льника - единственное число, винительный падеж от пятьдесятонача́льникъ.